Explication plus simple, on a vu que Rayleigh a pu décider qui il visait avec son haki. Mais soit, il a juste fait tomber dans les pommes une seule personne (Disco), soit il a "épargné" un nombre limité de personnes (les Mugiwaras, Hachi, Camie et Pappug). On peut peut-être supposer que là, il y a beaucoup trop de monde, du coup, c'est impossible de trier exactement les alliés et les ennemis pour décider qui viser et qui épargner. Newgate n'allait donc pas mettre k.o. ses propres alliés. C'est aussi pour ça que personne dans la Marine n'a demandé à Hancock d'utiliser son propre haki royal sur les Barbes Blanches et leurs alliés (du moins, pour leur faire perdre connaissance). Quant à viser précisément les bourreaux (même avec cette centaine de milliers de personnes, en viser juste deux qu'on a en vue, cela doit être possible), au début de la bataille, cela ne servirait strictement à rien, vu qu'Ace serait toujours prisonnier et qu'on pourrait facilement remplacer les bourreaux. Quant au moment où Ace a failli être exécuté, on a vu que Newgate allait réagir, mais qu'il a tout d'un coup faibli, puis que Luffy a lancé son haki (mettant k.o. indifféremment des Marines et des pirates). Peut-être qu'avant que Luffy n'intervienne, Newgate avait justement dans l'idée d'assommer les deux bourreaux avec son haki.
Sinon, je ne pense pas que cela soit la faiblesse d'Ace qui ait fait qu'il ne puisse se faire évanouir les bourreaux. On a beaucoup trop d'indices allant vers l'idée que seul le haki royal permet de faire s'évanouir des gens. J'en déduis qu'Ace a peu de chances d'avoir le haki royal, c'est tout.
Et puis, j'avais émis une théorie il y a longtemps, que de part l'étymologie du terme haki (ambition), cela ne devait pas être lié à la force de la personne, mais plus à sa volonté et à son état d'esprit. Cela me paraît plus intéressant, parce que cela se différencierait du ki, du cosmos et autre chakra. Et du coup, cela expliquerait aussi que par exemple, Luffy et Zoro se fassent rétamer vite fait par le CP-9 lors de leur premier combat (grande forme physique, mais moral au plus bas, donc haki peu puissant), mais que Luffy bat Lucci à la fin avec son Jet Gatling Gun, alors qu'il n'a plus de force physique (totalement épuisé), mais a le moral et la volonté au plus haut (donc, haki très puissant). Cela m'arrangerait donc que cela ne soit pas parce qu'Ace est épuisé physiquement qu'il ne fasse pas s'évanouir les gardes.

(Malheureusement, ce qui m'arrange n'est pas une preuve. XD) Et puis, cela aurait l'immense avantage de nourrir l'idée que le haki est utilisé de façon inconsciente depuis longtemps.
À préciser que cette théorie n'implique pas que le haki permet de se relever sans cesse. On a bien vu que cela n'a pas marché quand Luffy a été mis à terre par les Amiraux et les vice-amiraux. C'est Ivankov qui a dû lui injecter des hormones pour le réveiller. Et il y a sûrement aussi un facteur force physique, quand il s'agit de donner des coups, le haki n'était qu'un renforcement des attaques.